علامه نائینی و شیخ فضل الله نوری از جمله علماء بزرگ و اثرگذار در دوره قاجار بودند که به طرح نظریه­پردازی به منظور سپردن مسئولیت و تصدی امور عرفی و مسائل اجتماعی به متولیان حقیقی آن یعنی فقهیان جامع الشرائط پرداخته‌اند. بررسی تطبیقی مفهوم ولایت فقیه در اندیشه این دو فقیه برجسته، مسأله مقاله‌ی حاضر می‌باشد.
 مروری بر تنبیه الامه نشان می­دهد که نائینی، گرچه مستقلاً بحث ولایت فقیه را مطرح نکرده اما مشروعیت نظام مشروطه را به ولایت فقیه می­داند. نائینی در تنبیه الامه هرگاه به بنیادهای فکر سیاسی اشاره کرده، این موضوع را نیز بیان نموده است که از نگاه شیعیان در عصر غیبت امام معصوم، وظائف و اختیارات نوعی او در حوزه عمومی به فقهای واجد شرایط انتقال می­یابد. وی در کتاب منیه الطالب نیز معتقد به ولایت فقها در امور حسبیه است. در اندیشه­ی شیخ فضل الله نوری، تنها فقیه است که می­تواند در امور حکومتی، نیابت از امام معصوم داشته باشد. ارجاع مسئولیت امور عامه به فقها، یکی از ابعاد مهمی است که شیخ فضل الله بر آن تأکید می­کند. اما درباره نحوه­ی ارتباط علمای مزبور با سلاطین، می­توان نوع عملکرد علامه نائینی را در قالب نظریه سلطنت مأذون و نوع عملکرد شیخ فضل الله نوری با سلاطین را در قالب نظریه حاکمیت دوگانه توجیه و توضیح داد. در اندیشه شیخ فضل الله نوری و علامه نائینی، هیچ جایگزینی بهتر از «مجتهدین» برای اداره جامعه در زمان غیبت یافت نمی­شود، اما زمانی که عملاً حکومت فقها ممکن نیست، حاکمیت دوگانه سلطان و یا سلطنت مأذون، مناسب­ترین راهکار برای اداره جامعه محسوب می­شود.